Tak, pijawki lekarskie mogą przenosić drobnoustroje, jeśli są stosowane nieprawidłowo lub wielokrotnie, dlatego w terapii obowiązują ścisłe zasady bezpieczeństwa. Każda pijawka używana w hirudoterapii powinna być jednorazowa i pochodzić z kontrolowanej hodowli, a po zabiegu musi zostać zutylizowana zgodnie z procedurami medycznymi.
Ryzyko dotyczy głównie zakażeń bakteryjnych, ponieważ w przewodzie pokarmowym pijawek naturalnie występują bakterie wspomagające trawienie krwi. Przy zabiegach wykonywanych przez wykwalifikowanych terapeutów, z zachowaniem aseptyki i właściwej kwalifikacji pacjenta, ryzyko jest niskie i kontrolowane. Największe zagrożenie pojawia się przy samodzielnym stosowaniu pijawek lub korzystaniu z niepewnych źródeł, co może prowadzić do infekcji lub nadmiernego krwawienia.