Hirudoterapia jest uznawana za bezpieczną, o ile jest prowadzona przez wykwalifikowanego terapeutę, z użyciem certyfikowanych pijawek z hodowli i przy zachowaniu zasad aseptyki. W takich warunkach ryzyko powikłań jest niskie, a zabieg traktowany jest jako terapia wspomagająca, a nie eksperymentalna.
Bezpieczeństwo spada, gdy pomija się kwalifikację pacjenta lub przeciwwskazania. Możliwe działania niepożądane to przedłużone krwawienie, infekcja, reakcja alergiczna lub anemia, szczególnie przy zbyt częstych zabiegach. Dlatego kluczowe są wywiad zdrowotny, jednorazowe użycie pijawek i odpowiednie odstępy między sesjami. Stosowana rozsądnie i profesjonalnie, hirudoterapia ma korzystny profil bezpieczeństwa, ale nie jest metodą dla każdego.